In het nog heftigere en krankzinnige tweede seizoen zijn The Boys op de vlucht voor de wet. Ze worden opgejaagd door de Supes en proberen zich wanhopig te hergroeperen en terug te vechten tegen Vought. Ondergedoken proberen Hughie (Jack Quaid), Mother’s Milk (Laz Alonso), Frenchie (Tomer Capon) en Kimiko (Karen Fukuhara) zich aan te passen aan een nieuw normaal, dit alles gebeurt terwijl Butcher (Karl Urban) nergens te vinden is. Tegelijkertijd moet Starlight (Erin Moriarty) haar plaats in The Seven innemen, want Homelander (Antony Starr) wil de volledige macht overnemen. Zijn macht wordt echter bedreigd door de toevoeging van Stormfront (Aya Cash), een social media-savvy en nieuwe Supe, die haar eigen agenda heeft. Daarbovenop komt nog dat de Supervillain-dreiging centraal staat en zorgt voor veel lawaai, terwijl Vought probeert te profiteren van de paniek in het land.